Zur Bekämpfung von so genannten geheimen Gruppen (grupos clandestinos), kriminellen Netzwerken, die auch innerhalb staatlicher Strukturen agieren und illegale Aktivitäten wie Drogenschmuggel kontrollieren, wurde zwischen der guatemaltekischen Regierung und den Vereinten Nationen im Januar 2004 ein Abkommen geschlossen. Durch das Abkommen sollte eine internationale Untersuchungskommission (Comisión de Investigación de Cuerpos Ilegales y de Aparatos Clandestinos - CICIACS) mit weitgehenden Befugnissen eingerichtet werden. Die Ratifikation des Abkommens scheiterte jedoch im August 2004, nachdem das guatemaltekische Verfassungsgericht Teile des Abkommens für verfassungswidrig erklärt hatte.
Am 12. Dezember 2006 wurde ein neu verhandeltes Abkommen zur Einrichtung einer Internationalen Kommission gegen Straflosigkeit in Guatemala (Comisión Internacional Contra la Impunidad en Guatemala - CICIG) geschlossen. Anders als für die CICIACS vorgesehen, hat die CICIG nicht die Kompetenz, selbst Strafverfahren einzuleiten. Sie kann der Staatsanwaltschaft lediglich Ermittlungsmethoden und Beweisführungen vorschlagen. Die Kommission nahm im Januar 2008 ihre Arbeit auf. Amnesty International wertet dies als positiven Schritt zur Bekämpfung der Straflosigkeit.
Guatemala hat das Statut von Rom des Internationalen Strafgerichtshofes nicht unterzeichnet.