Der seit 2004 regierende honduranische Staatspräsident Manuel Zelaya wurde am 28. Juni 2009 von der Armee verhaftet und außer Landes gebracht. An seiner Stelle ist Roberto Micheletti, der ehemalige Kongresssprecher, als Interimspräsident vereidigt worden. Die Situation ist unübersichtlich; nationale Medien unterliegen größtenteils der Pressezensur. Berichten zufolge gab es im Zuge der Proteste gegen die Amtsenthebung Zelayas wiederholt Fälle von Folter und "Verschwindenlassen" bis hin zu Mord.
Nachdem Honduras im April 2006 dem Zentralamerikanischen Freihandelsabkommen CAFTA beigetreten war, zu dessen Vertragsstaaten neben weiteren zentralamerikanischen Staaten die USA und die Dominikanische Republik zählen, folgte im August 2008 der Beitritt zur Alternativa Bolivariana para Nuestra América (ALBA). Die Mitgliedschaft war vor allem von Präsidente Zelaya vorangetrie-ben worden und hatte in der Regierung kaum Unterstützung gefunden.
Mehrere Staatsanwälte und andere Personen waren im April und Mai 2008 in den Hungerstreik getreten. Sie forderten den Rücktritt des Generalstaatsanwalts, den sie der Korruption und der Behinderung der Untersuchung mehrerer wichtiger Antikorruptionsverfahren beschuldigten. Einer dieser Staatsanwälte war Luis Santos, dem staatlicher Personenschutz gewährt worden war. Er war im September 2008 durch einen unbekannten Schützen angeschossen und schwer verletzt worden. Auf Ersuchen der Interamerikanischen Kommission für Menschenrechte wurden die Schutzvorkehrungen für ihn verstärkt.
Im Dezember 2008 erließ Präsident Zelaya ein Dekret, mit dem ein Entschädigungsprogramm für die Opfer von Menschenrechtsverletzungen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit, die zwischen 1980 und 1993 begangen worden waren, aufgelegt wurde.