Etwa 621.000 Indigene machen heute 9 Prozent der honduranischen Bevölkerung aus. Miskitos, Ta-wakhas, Lencas, Tolupanes, Chortis, Nahual und Garífunas bilden eine vielfältige indigene und ethnische Minderheit, der das politische und gesellschaftliche Mitspracherecht weitgehend verweigert wird. Landfragen, kulturelle und traditionelle Bedürfnisse sowie der Zugang zu Ressourcen bleiben ihnen in den meisten Fällen verwehrt. Obwohl die honduranische Regierung den indigenen Gemeinden 2002 neue Landrechte zugesprochen hatte, versuchen lokale Grundbesitzer nach wie vor, ihnen diese Rechte streitig zu machen. Häufig dienen gegenstandslose Anzeigen gegen Gemeindesprecher dazu, unliebsame Protestler aus dem Weg zu räumen. Mehrere Gemeinsprecher aus Montaña Verde und Mitglieder des Indigenenrats COPINH sind eingeschüchtert und bedroht worden. Konstruierte Anklagen gegen Gemeindesprecher reichen von unrechtmäßiger Aneignung von Land bis hin zu Mord.
Im Juni 2006 war Jessica García, eine Sprecherin der afrikanischstämmigen Garifuna-Gemeinschaft im Dorf San Juan Tela an der honduranischen Atlantikküste, Berichten zufolge bedroht und mit vorgehaltener Waffe gezwungen worden, Landbesitz der Gemeinschaft der Garifuna einer Immobilienfirma zu überschreiben, die dort eine Ferienanlage errichten wollte. Santos Aguilar, ebenfalls Angehöriger der Garífuna-Gemeinschaft in San Juan Tela, wurde am 5. Juni 2008 von zehn Männern überfallen, die Berichten zufolge einer Sicherheitsfirma angehörten und ihn unter Schlägen und Tritten mit dem Tode bedrohten. Auch der Gemeindesprecher Wilfredo Guerrero ist seit 2002 Verfolgung und Bedrohung ausgesetzt. 2005 war sein Haus bei einem Brandanschlag zerstört worden, 2007 wurde er willkürlich festgenommen. Die Staatsanwaltschaft wies die Polizei an, ihn freizulassen. Bisher ist niemand wegen dieser Vorfälle vor Gericht gestellt worden.