Homosexuelle, Bisexuelle und Transsexuelle (LGBT) sind in den vergangenen Jahren wiederholt Opfer massiver Menschenrechtsverletzungen geworden. Die Untersuchung der Misshandlung und Vergewaltigung von Donny Reyes, Schatzmeister der Fundación Arco Iris, einer Vereinigung, die sich für die Rechte von Schwulen, Lesben, Bisexuellen und Transgender-Personen einsetzt, machte keine Fortschritte. Donny Reyes war im Jahr 2007 von Polizisten willkürlich festgenommen und zu einer Polizeiwache gebracht worden. Dort soll ein Polizeibeamter gegenüber anderen Inhaftierten gesagt haben: "Schaut mal, ich bringe euch hier eine kleine Prinzessin. Ihr wisst ja, was zu tun ist." Er wurde von anderen Häftlingen wiederholt geschlagen und vergewaltigt. Ein Polizist wurde mit einer einmonatigen Suspendierung vom Dienst ohne Gehaltsfortzahlung bestraft.
Transgender-Frauen, die als Sexarbeiterinnen tätig sind, werden häufig von Freiern oder Angehörigen der Polizei angegriffen. Drei Transgender-Frauen wurden Ende 2008 von Unbekannten getötet, als sie in Comayagüela in der Nähe von Palmira ihrer Arbeit nachgingen. Jazmín Zelaya wurde am 30. Oktober 2008 ermordet. Sie wurde am Straßenrand tot aufgefunden. Eine weitere Transgender-Frau wurde am 17. Dezember 2008 getötet. Cintia Nicole Moreno, die ebenfalls engagiert für die Menschenrechte von Transgendern eingetreten war, wurde am 9. Januar 2009 umgebracht. Bisher wurde niemand wegen dieser Tötungen zur Verantwortung gezogen.