Anfang März 2008 wurde im Senat eine Staats- und Justizreform verabschiedet, die sowohl im Strafrecht als auch in der Strafprozessordnung eine Reihe von positiven Veränderungen bringen soll. Amnesty International hat diesen Reformprozess seit Jahren begleitet, bis zuletzt Kritik an den Reformentwürfen geltend gemacht und diese allen Parlamentariern zugeleitet. Im Wesentlichen ging es darum durchzusetzen, dass Mexikos internationale Verpflichtungen von allen Behörden respektiert werden und dass Eingriffe der Bundesbehörden in bundesstaatliche Jurisdiktionen möglich werden, wenn diese Menschenrechte verletzen. So sollen in Zukunft die Unschuldsvermutung gelten und alle von der Staatsanwaltschaft gesammelten Beweise effektiv geprüft werden. Es soll mündliche Verhandlungen geben (bisher wurde i.d.R. aufgrund der Aktenlage geurteilt, wobei Geständnisse häufig erpresst waren) und es sollen nur Aussagen als Beweise zugelassen werden, die vor einem Richter im Beisein eines Verteidigers gemacht wurden. Auch unangemeldete Hausdurchsuchungen durch Polizei- oder Militärangehörige sind in Zukunft nicht mehr erlaubt.
Unberücksichtigt blieb dagegen eine Forderung von AI, die Möglichkeit des sog. arraigo verfassungsmäßig nicht festzuschreiben. Diese Form vorbeugender Festnahme durch die Strafermittlungsbehörde (Ministerio Público) ist von internationalen Menschenrechtsorganisationen wie der Arbeitsgruppe für willkürliche Inhaftierungen und dem Antifolter-Komitee als willkürlich bezeichnet worden und sollte nach ihrer Auffassung abgeschafft werden. AI hatte argumentiert, dass die Tatsache, den arraigo auf Fälle des organisierten Verbrechens zu beschränken, weder an ihrer Natur etwas ändere noch daran, dass es sich dabei um eine schwerwiegende Menschenrechtsverletzung handele. Laut AI hat die Generalstaatsanwaltschaft zwischen 2005 und 2007 727 Personen vorbeugend in Haft genommen. Darüber hinaus sei es besorgniserregend, dass das Ministerio Público in den 32 Bundesstaaten diese Form der Inhaftierung weiterhin anwenden könne, solange der Reformprozess andauere.
Der Reformentwurf wurde zur Beschlussfassung an die Parlamente der Bundesstaaten weitergeleitet. Wenn mehr als die Hälfte von ihnen (also 16) dem Gesetzgebungsverfahren zustimmt, tritt die Justizreform mit einer achtjährigen Übergangsfrist in Kraft.