Mit der Zerschlagung der großen kolumbianischen Drogenkartelle in den 1990er Jahren ist die Drogenökonomie in Mexiko zum Sicherheitsfaktor Nummer eins geworden. Heute ist Mexiko unter den Drogenkartellen so umkämpft, weil es der wichtigste Umschlagsplatz für Kokainlieferungen in die Vereinigten Staaten ist. Nach Erkenntnissen der US-Drogenfahnder kommen 90 Prozent des in den USA konsumierten Kokains über den südlichen Nachbarn ins Land. Der Konflikt zwischen dem Organisierten Verbrechen und dem mexikanischen Staat hat eine neue Stufe erreicht. Die mächtige Rauschgiftmafia bedroht die Bundesregierung direkt. Präsident Calderón schickte seit Dezember 2006 mehr als zehntausend Soldaten und Bundespolizisten in die besonders von der Rauschgiftkriminalität gebeutelten Bundesstaaten und lieferte 15 führende Drogenbosse in die USA aus. Ob der "Kreuzzug" gegen die Organisierte Kriminalität auf diese Weise gewonnen werden kann, ist völlig offen. Ein Jahr nach Proklamation der neuen Sicherheitsdoktrin sind weit über tausend Elitesoldaten desertiert und haben sich den Drogenbossen als Wachleute angeschlossen.
Neben dem Kokainschmuggel spielt in Mexiko der Anbau von Marihuana (Haschisch) und von Mohn (Heroin) traditionell eine große Rolle und findet überall im Lande statt. Durch den Einsatz der Militärs hat sich die Lage für die Bevölkerung verschlechtert. Unter dem Vorwand der Drogenbekämpfung dringen Soldaten vor allem in Siedlungsräume der indigenen Bevölkerung in Guerrero, Oaxaca und Chiapas ein. Sie vernichten nicht nur Mohnaussaat und Marihuanabüsche, sondern brandschatzen, vergewaltigen Frauen, drohen damit, die Menschen zu erschießen. Dort, wo sich Widerstand regt, kommt es regelmäßig zu Einschüchterungen, Gefangennahmen und gezielten Erschießungen von Protestführern. Derartige "Kolateralschäden" werden von der Regierung in Kauf genommen.
In den Fällen, in denen das Militär polizeiliche Aufgaben übernimmt, wird der Beweis erbracht, dass die Polizei versagt hat. Militärpräsenz in Zonen illegalen Holzeinschlags (mit schweren Erosionsfolgen) oder z.B. beim Megastaudammprojekt von La Parota (wo für die Umsiedlung zigtausender Menschen nach wie vor jeder Plan fehlt) hat Protestbewegungen entstehen lassen, die sich gegen staatliche Willkür zur Wehr setzen. Boden- und Flussverunreinigungen durch Soldaten oder infolge rücksichtsloser Industrieproduktionen (v.a. in der Mineralöl- und Textilwirtschaft) führen zu Gesundheitsschäden und haben ebenfalls Massenproteste ausgelöst. Gerichtliche Auseinandersetzungen verliefen teilweise erfolgreich.