In dem Maße, indem indigene Völker (v.a. in den südlichen Bundesstaaten) Böden bewirtschaften, unter denen Bodenschätze geortet wurden, wo natürliche Ressourcen wie Wasser und Tropenholz in reicher Menge vorhanden sind, oder wo rücksichtslos neue Verkehrswege trassiert werden, kommt es vermehrt zu Konflikten mit nationalen Kaziken, die mit internationalen Wirtschaftsunternehmen Geschäfte tätigen wollen.
Die durch eine Verfassungsänderung praktisch abgeschaffte Form der gemeinsamen Bodenbewirtschaftung (Ejido-System) hat zu einer Fülle von Landkonflikten geführt, da Privatinvestoren indigenen Bauern ihre Titel streitig machen. Vertreibungen sind die Folge.
Über ein Jahr lang wurde Diego Arcos Meneses in Chiapas unter falschen Anschuldigungen gefangen gehalten und gefoltert. Am 4. Dezember 2007 kam er nach einer weltweiten Solidaritätskampagne wieder frei, ohne bis heute rehabilitiert worden zu sein. An der Kampagne war neben AI u.a. die Chiapas-AG der Deutschen Menschenrechtskoordination Mexiko mit einer großen Postkartenaktion maßgeblich beteiligt.
Am 1. Februar 2008 wurden in der Nähe des Tourismuszentrums Agua Azul unweit von Palenque (Chiapas) Eliseo Silvano Jiménez und sein Sohn Eliseo Silvano Espinosa verhaftet und stundenlang gefoltert. Hinter dem Anschlag steckten nachweislich Angehörige der paramilitärischen Organisation OPDDIC. Ihre Zusammenarbeit mit der lokalen Polizei garantiert ihnen Straffreiheit hinsichtlich dieser Aktivitäten.
Am 11. Februar 2008 wurde Lorenzo Fernández, ein Mitglied der Indigena-Organisation OPIM vom Volk der Me'Phaa in Ayutla (nahe Acapulco) erschossen, nachdem er und andere Mitglieder der Organisation im Vorfeld vom Militär bedroht wurden. Schon vor über einem Jahr hatten Me'Phaa-Angehörige in Ayutla berichtet, dass die Militärs in ihre Dörfer kämen und ihnen drohten, sie alle umzubringen.