Die Wahrheitskommission hat der panamaischen Regierung Berichte über Menschenrechtsverletzungen vorgelegt, die unter der Militärregierung in den Jahren 1968-89 verübt worden sind. Diese sicherte eine individuelle Untersuchung der Fälle zu.
Im Fall der Untersuchung von 16-20 menschlichen Überresten, die 2004 auf der ehemaligen Gefängnisinsel Coiba gefunden wurden, gab es keinen Fortschritt. Der Wahrheitskommission fehlen nach wie vor die nötigen finanziellen Mittel, um DNA-Tests durchführen zu können. Der Fundort ist nach wie vor nicht von den Behörden abgesperrt worden.
Aufgrund bürokratischer Verzögerungen gibt es keinen Fortschritt in der Untersuchung des im Jahr 1971 verschwundenen kolumbianischen Priesters Héctor Gallego.