Häftlinge sind Berichten zufolge immer wieder Misshandlungen und Übergriffen durch das Gefängnispersonal ausgesetzt. Im Oktober 2007 untersuchte das Büro für interne Angelegenheiten der Nationalpolizei (DRPO) 23 Fälle von Misshandlungen von Häftlingen durch das Gefängnispersonal. Beklagt wurden zudem die unzureichende medizinische Versorgung und ein eingeschränkter Zugang zu Trinkwasser, Korruption sowie die Überbelegung der Zellen. Der 2004 angeratenen Schließung des Gefängnisses La Chorrea durch den Ombudsmann für Menschenrechte wurde nicht Folge geleistet, das Gefängnis blieb mit 471 Insassen in Betrieb. Laut einem Bericht des U.S.-Au20 Rundbrief 01/2009 CASA- und Guatemala-Kogruppe ßenministeriums waren die nationalen Gefängnisse, die Raum für knapp 7000 Häftlinge bieten, mit mehr als 11.000 Insassen überbelegt. Aufgrund fehlender Sicherheitsmaßnahmen gelang es am 6. Januar 2007 sechs maskierten Personen, in das Jugendgefängnis „Basilio Lakas“ in Colón einzudringen und die dort einsitzenden Omar Frutos (17) und Elicer Cuevas (15) zu erschießen. Sechs Verdächtige konnten kurz nach der Tat gefasst und in Untersuchungshaft genommen werden. Der Ombudsmann für Menschenrechte erhielt während des Berichtszeitraum 17 Klagen von Misshandelten gegen Beamte der Nationalpolizei.