Die indigenen Volksgruppen Kuna, Ngobë- Buglé und Emberá-Wounaan verwalten ihre fünf autonomen Territorien (comarcas) selbst. Für eine Selbstverwaltung der Territorien der anderen Bevölkerungsgruppen, so der Bri-Bri und Naso, gab es vonseiten der Regierung bislang keinen Ansatz.
Die Internationale Arbeiterorganisation ILO berichtete von einer Ungleichbehandlung indigener und nichtindigener Arbeiter. Hierbei soll vor allem auf den Zucker-, Kaffee- und Bananenplantagen indigenen Arbeitern bis zu 32 % weniger Lohn gezahlt und grundlegende Arbeitsrechte verweigert worden sein.