Das Generalamnestiegesetz von 1993 ist nach wie vor in Kraft und macht nicht nur eine Strafverfolgung der Menschenrechtsverletzungen während des bewaffneten Konfliktes unmöglich, sondern wirft seine Schatten auch auf die Arbeit der Justiz und polizeilicher Institutionen von heute.
Menschenrechtsorganisationen forderten wiederholt die Wiederaufnahme der Fälle der Ermordung von sechs Jesuiten, ihrer Haushälterin und deren Tochter (1989) und der Ermordung von Erzbischof Romero (1980). Beiden Fällen stehen stellvertretend für die vielen nicht verfolgten Menschenrechtsverletzungen während des Bürgerkrieges und in beiden Fällen hat die Interamerikanische Menschenrechtskommission die salvadorianischen Behörden aufgefordert, die Morde zu ahnden.
Ungeklärt ist weiterhin das Schicksal tausender Menschen, die während des Bürgerkrieges verschwunden sind. Bereits im Bericht der Wahrheitskommission im März 1993 wurde die Regierung zur Aufklärung von 8.600 Fällen von Verschwundenen, zur Einrichtung eines nationalen Gedenktages, dem Bau eines Denkmales und zu Wiedergutmachung für die Angehörigen verpflichtet. Die Regierung kam diesen Verpflichtungen bisher nicht nach.
Während des bewaffneten Konflikts wurden im Zuge von Militäroperationen außerdem hunderte von Kindern von ihren Familien getrennt. Viele von ihnen wurden zur Adoption freigegeben, auch ins Ausland. Die nichtstaatliche Organisation "Asociación Pro Búsqueda de Niños y Niñas Desaparecidos" engagiert sich aktiv und auf politischen Wege für eine Suche nach den betroffenen Kindern und konnte bereits 317 Fälle aufklären. Der Interamerikanische Gerichtshof für Menschenrechte hat sich inzwischen mit einigen der Fälle befasst. Im Fall der beiden 1982 verschwundenen Schwestern Serrano Cruz (damals 7 und 3 Jahre alt) hat er den Staat El Salvador zu umfangreichen Maßnahmen verurteilt. Die Regierung kam diesem Urteil aber nur unzureichend nach.
Im März 2006 akzeptierte die Interamerikanische Menschenrechtskommission
eine Vorlage des katholischen Menschenrechtsbüros Tutela Legal zur Untersuchung
des Massakers von El Mozote im Jahr 1981, bei dem mindestens 767 Menschen vom
Militär ermordet worden waren. Sie wird einen Bericht mit Empfehlungen
an die Regierung erstellen. Tutela Legal nimmt seit Jahren Exhumierungen in
El Mozote und an anderen Orten vor, um die Aussagen über Massaker durch
Sachbeweise untermauern zu können.