In beunruhigendem Ausmaß nahmen Berichte über Gewalt gegen Frauen zu, insbesondere über Morde an Frauen, die oft zuvor misshandelt oder verstümmelt worden waren. Im Jahr 2005 zählte die Generalstaatsanwaltschaft 390 ermordete Frauen; im Jahr 2006 waren es bis zum 1. September 286 Frauen. Nur wenige der Fälle wurden aufgeklärt.
Wiederholte Angriffe und Todesdrohungen gegenüber Mitgliedern der Organisation "Entre Amigos", die sich für die Rechte von Schwulen und Lesben einsetzt, sowie wiederholte Einbrüche in das Büro der Organisation veranlassten amnesty international im August zu einer Eilaktion, in der Maßnahmen zum Schutz der Organisation und ihrer Mitglieder gefordert werden. Seit 1999 wurden 42 Homosexuelle ermordet, keiner der Fälle wurde aufgeklärt.
amnesty international ist auch besorgt darüber, dass MenschenrechtsverteidigerInnen sowie andere politisch und sozial aktive Personen immer wieder Bedrohungen ausgesetzt sind.
Im September 2005 besuchte der UN-Hochkommissar für Menschenrechte El Salvador, um sich über die Behinderung und Bedrohung der Arbeit der Menschenrechtsbeauftragten und ihrer MitarbeiterInnen zu informieren.
Am 2.7.2006 wurde das Ehepaar Manzanares Monjarás von Unbekannten in ihrem Haus zunächst gefoltert und dann ermordet. Das Ehepaar hatte bereits seit langem Todesdrohungen erhalten, die vermutlich auf ihr Engagement in der Oppositionspartei FMLN zurückzuführen waren.
Auch ihre Tochter Marina Manzanares, die während des Bürgerkrieges
beim Untergrundsender "Radio Venceremos" arbeitete und sich seitdem
engagiert für eine Aufklärung der Vergangenheit und für die Verwirklichung
wirtschaftlicher und sozialer Rechte eingesetzt hat, erhält seit langem
Todesdrohungen. amnesty international hat mit einer Eilaktion am 6.7.2006 von
der Regierung wirksame Maßnahmen zu ihrem Schutz gefordert.